中國高等航海教育發軔于上海,1909年晚清郵傳部上海高等實業學堂(南洋公學)船政科開創了我國高等航海教育的先河。1912年成立吳淞商船學校,1933年更名為吳淞商船專科學校。1959年交通部在滬組建上海海運學院。2004年經教育部批準更名為上海海事大學。為更好地服務上海國際航運中心建設和國家航運事業發展,根據上海市高校布局結構調整規劃,2008年上海海事大學主體搬遷臨港新城。2009年學校舉行百年校慶系列活動。
上海海事大學是一所以航運、物流、海洋為特色,具有工學、管理學、經濟學、法學、文學、理學和藝術學等學科門類的多科性大學。2008年,上海市人民政府與交通運輸部簽訂協議,共建上海海事大學。
學校設有2個博士后科研流動站(交通運輸工程、電氣工程),2個一級學科博士點(交通運輸工程、管理科學工程),19個二級學科博士點,13個一級學科碩士學位授權點,59個二級學科碩士學位授權點,6個專業學位碩士授權點,46個本科專業,10個專科(高職)專業。擁有11個省部級重點研究基地。現有1個國家重點(培育)學科,5個國家級特色專業,1個上海市高峰學科,2個上海市高原學科,9個部市級重點學科,17個上海市本科教育高地。設有水上訓練中心,擁有萬噸級集裝箱教學實習船“育鋒”輪,4.8萬噸散貨教學實習船“育明”輪。